Naturklagenævnets sekretariat ledes af nævnsformanden med bistand af 4 viceformænd og en administrationschef. Viceformændene fungerer som stedfortræder for formanden.
Der er ansat i alt omkring 50 personer i Naturklagenævnets sekretariat. Formanden og viceformændene skal opfylde de almindelige betingelser for at være landsdommer.
Hovedparten af sagsbehandlerne er jurister.
Sekretariatet forbereder nævnets beslutninger og bistår med udformning og meddelelse af nævnets afgørelser. Herudover træffer formanden, eller i hans sted en af viceformændene, afgørelse på nævnets vegne i klagesager som skønnes at være uden principiel betydning.
Organisationsdiagram for sekretariatet:

|
Sekretariatet har til huse på Rentemestervej 8 i København NV. |